Året är 21XX.
Robotar finns överallt och hjälper människorna med deras dagliga uppgifter. När vissa av dessa bryter sig loss och börjar skada folk skapas ’Mavericks’, en elitstyrka med uppgift att jaga och förgöra dessa onda maskiner. När en av dessa elitsoldater själv går över till den onda sidan kallas Megaman X och Zero in för att undersöka saken.
– Remake av den klassiska ’Megaman X’ som först kom till Super Nintendo, nu med helt ny grafik och extra filmsekvenser
– Gå över till den onda sidan! När du spelat igenom äventyret som Megaman kan du istället köra som hans ärkerival, Vile